MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia valaisiana VS116 plasmid VS116_lp17

Total Repeats: 315

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012180	ACTAT	2	10	38	47	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_012180	TTTC	2	8	63	70	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_012180	TAT	3	9	92	100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012180	GTT	2	6	167	172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012180	T	6	6	253	258	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012180	TTC	2	6	262	267	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_012180	T	8	8	282	289	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012180	GATT	2	8	290	297	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012180	AATT	2	8	360	367	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012180	TAA	2	6	389	394	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012180	TTA	2	6	395	400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012180	TAT	2	6	434	439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012180	AT	3	6	459	464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012180	GAA	2	6	499	504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012180	AATA	2	8	505	512	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012180	TATT	2	8	513	520	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012180	TTTA	2	8	544	551	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012180	TAA	2	6	652	657	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012180	TAGA	2	8	668	675	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012180	TAA	2	6	1815	1820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012180	TAA	2	6	1830	1835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012180	AAAT	2	8	1918	1925	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012180	AATTT	2	10	1937	1946	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012180	A	7	7	1986	1992	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012180	GAA	2	6	1995	2000	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012180	ATT	2	6	2035	2040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012180	T	8	8	2039	2046	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012180	TAT	2	6	2922	2927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012180	ATA	2	6	2931	2936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012180	ATA	3	9	2944	2952	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012180	ATT	2	6	2965	2970	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012180	ATT	2	6	2987	2992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012180	AATTT	2	10	3003	3012	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012180	TTC	2	6	3069	3074	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_012180	TAA	2	6	3081	3086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012180	CAA	2	6	3098	3103	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_012180	T	6	6	3175	3180	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012180	A	6	6	3199	3204	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012180	GTTTT	2	10	3249	3258	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012180	TAA	2	6	3285	3290	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012180	TCT	2	6	3301	3306	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_012180	T	7	7	3335	3341	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012180	TGA	2	6	3381	3386	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012180	T	6	6	3407	3412	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012180	TTA	2	6	3423	3428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012180	T	6	6	3460	3465	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012180	ATT	2	6	3492	3497	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012180	T	7	7	3512	3518	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012180	ACT	2	6	3521	3526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012180	AAC	2	6	3575	3580	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_012180	ATT	2	6	3582	3587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012180	TCT	2	6	3603	3608	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_012180	T	6	6	3645	3650	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012180	TTTGA	2	10	3685	3694	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012180	TGTT	2	8	3777	3784	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012180	TA	4	8	3808	3815	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012180	T	8	8	3844	3851	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012180	ATA	2	6	3872	3877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012180	TAA	2	6	4057	4062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012180	ATG	2	6	4075	4080	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012180	A	7	7	4101	4107	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012180	ATT	2	6	4332	4337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012180	TAAA	2	8	4349	4356	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012180	GAG	2	6	4412	4417	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012180	ATT	2	6	4578	4583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012180	T	6	6	4582	4587	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012180	TCA	2	6	4598	4603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_012180	ATT	2	6	4606	4611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012180	T	6	6	4639	4644	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012180	T	6	6	4654	4659	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012180	AT	3	6	4715	4720	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012180	TAA	2	6	5463	5468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012180	ATTA	2	8	5496	5503	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012180	ATTA	2	8	5513	5520	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012180	ATTA	2	8	5530	5537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012180	A	6	6	5726	5731	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012180	CTA	2	6	5753	5758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_012180	AAT	2	6	5782	5787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012180	ATTA	2	8	5842	5849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012180	AAT	2	6	5878	5883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012180	TAAAG	2	10	5906	5915	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012180	ATA	2	6	5959	5964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012180	CTA	2	6	5990	5995	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_012180	ATTAG	2	10	6031	6040	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012180	A	6	6	6041	6046	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012180	TTA	2	6	6053	6058	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012180	A	6	6	6067	6072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012180	TAC	2	6	6073	6078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_012180	AAAAAC	2	12	6088	6099	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_012180	A	6	6	6152	6157	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012180	TAA	2	6	6198	6203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012180	TTA	2	6	6223	6228	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012180	AAC	2	6	6377	6382	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_012180	TAG	2	6	6389	6394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012180	AGA	2	6	6404	6409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012180	A	7	7	6458	6464	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012180	ATAA	2	8	6473	6480	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012180	GAT	2	6	6488	6493	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012180	ACA	2	6	6499	6504	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_012180	T	6	6	6515	6520	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012180	A	6	6	6521	6526	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012180	ATT	2	6	6551	6556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012180	ACA	2	6	6572	6577	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_012180	ATT	2	6	6578	6583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012180	TAATAT	2	12	6616	6627	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012180	AAAT	2	8	6669	6676	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012180	GCTT	2	8	6698	6705	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_012180	T	7	7	6704	6710	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012180	ACAA	2	8	6711	6718	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_012180	TTAA	2	8	6748	6755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012180	T	6	6	6760	6765	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012180	T	6	6	6767	6772	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012180	T	6	6	6791	6796	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012180	TTTTA	2	10	6822	6831	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012180	T	7	7	6833	6839	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012180	AAACA	2	10	6865	6874	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_012180	CT	3	6	6896	6901	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_012180	ATA	2	6	6908	6913	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012180	TGA	2	6	6937	6942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012180	TAA	2	6	7186	7191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012180	AT	3	6	7215	7220	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012180	AT	3	6	7223	7228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012180	TATAA	2	10	7232	7241	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012180	TA	3	6	7251	7256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012180	A	7	7	7317	7323	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012180	ATT	2	6	7342	7347	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012180	A	7	7	7367	7373	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012180	TTC	2	6	7385	7390	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_012180	AAAC	2	8	7405	7412	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_012180	ATT	2	6	7470	7475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012180	T	6	6	7482	7487	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012180	AAGA	2	8	7508	7515	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012180	AAT	2	6	7530	7535	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012180	T	6	6	7610	7615	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012180	T	6	6	7617	7622	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012180	GA	3	6	7696	7701	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012180	T	6	6	7893	7898	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012180	TGTT	2	8	7942	7949	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012180	AGT	2	6	7953	7958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012180	AGT	2	6	7987	7992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012180	A	6	6	8261	8266	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012180	A	6	6	8277	8282	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012180	C	6	6	8302	8307	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
144	NC_012180	TAAC	2	8	8309	8316	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_012180	A	6	6	8322	8327	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012180	A	6	6	8359	8364	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012180	AT	3	6	8376	8381	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012180	TAC	2	6	8427	8432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_012180	GTA	2	6	8436	8441	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_012180	AAAT	2	8	8449	8456	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012180	A	7	7	8765	8771	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_012180	AGC	2	6	8791	8796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_012180	TA	3	6	8984	8989	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_012180	ACC	2	6	9027	9032	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
155	NC_012180	TCT	2	6	9035	9040	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_012180	ATT	2	6	9238	9243	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_012180	TAA	3	9	9249	9257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_012180	ATT	2	6	9285	9290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_012180	T	6	6	9315	9320	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_012180	TA	3	6	9332	9337	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_012180	CGAT	2	8	9351	9358	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
162	NC_012180	TAT	2	6	9363	9368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_012180	TTTA	2	8	9370	9377	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_012180	TAT	2	6	9399	9404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_012180	TAA	2	6	9419	9424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_012180	TAA	2	6	9628	9633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_012180	TAT	2	6	9647	9652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_012180	TTC	3	9	9662	9670	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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170	NC_012180	TAA	2	6	9723	9728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_012180	AAAT	2	8	9729	9736	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_012180	TCTTTT	2	12	9737	9748	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
173	NC_012180	TATT	2	8	9759	9766	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_012180	T	7	7	9775	9781	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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177	NC_012180	TTA	2	6	9804	9809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_012180	T	6	6	9810	9815	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_012180	ATTA	2	8	9987	9994	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_012180	T	7	7	10009	10015	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_012180	T	6	6	10081	10086	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_012180	AT	3	6	10120	10125	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_012180	AAT	2	6	10134	10139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_012180	TTTC	2	8	10148	10155	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
187	NC_012180	TTG	2	6	10199	10204	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
188	NC_012180	TAA	2	6	10257	10262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_012180	ATT	2	6	10308	10313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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193	NC_012180	A	6	6	10408	10413	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_012180	TA	3	6	10433	10438	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_012180	TAA	2	6	10444	10449	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_012180	TA	4	8	10463	10470	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_012180	TTA	2	6	10500	10505	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_012180	ATT	2	6	10517	10522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
199	NC_012180	GAT	2	6	10542	10547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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285	NC_012180	A	7	7	18186	18192	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_012180	ATT	2	6	18202	18207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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290	NC_012180	ATA	2	6	18303	18308	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_012180	A	6	6	18328	18333	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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295	NC_012180	TAAA	2	8	18418	18425	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_012180	TA	3	6	18597	18602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_012180	T	6	6	18607	18612	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_012180	TTAAGT	2	12	18614	18625	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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303	NC_012180	TAAAG	2	10	18794	18803	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
304	NC_012180	ATT	2	6	18812	18817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_012180	TGG	2	6	18821	18826	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
306	NC_012180	AAT	2	6	18842	18847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NC_012180	AAG	2	6	18873	18878	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
308	NC_012180	TTAT	2	8	18879	18886	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_012180	TA	3	6	18899	18904	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
310	NC_012180	ATT	2	6	18917	18922	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_012180	ATCT	2	8	19216	19223	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
312	NC_012180	TAT	2	6	19265	19270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_012180	TTA	2	6	19281	19286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_012180	AT	3	6	19290	19295	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_012180	T	7	7	20008	20014	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.